אתרי שלם הינה חברת בת של הקרן לירושלים. הקרן מתרכזת ביזמות חברתית-תרבותית המכוונת לסדר היום ולצרכיה המיוחדים של החברה האזרחית בירושלים, פרויקט מוזיאון מגדל דוד נעשה כחלק מהפרויקטים לשימור ולשחזור ההיסטוריה של ירושלים הנעשים על-ידי הקרן
מגדל דוד הינו מצודה היסטורית מימי-הביניים, ובה תוספות ארכיטקטוניות מתקופות מאוחרות יותר, עד לפרויקט זה לא פותחה ושוקמה המצודה מאז ימי המנדט הבריטי.
הפרויקט כלל הכשרת חללי המצודה הקיימת למוזיאון לתצוגות קבע ולתערוכות מתחלפות. במסגרת העבודות בוצעו תשתיות ומערכות אלקטרו-מכניות מודרניות, עבודות פיתוח והכשרת מעברים וגשרים בחצר הפנימית, חפיר ארכיאולוגי בחפיר החיצוני ובהיקף המתחם, חפירה, חשיפה ושחזור של אלמנטים ארכאולוגיים באתר הפתוח ומחוצה לו.
את הפרויקט ליוותה רשות העתיקות והוא בוצע בפיקוח ארכיאולוגי מחמיר וצמוד. העבודה כללה בנוסף שימור ושיקום אלמנטים קיימים בפיקוח יועץ שימור צמוד שליווה את הביצוע.
תנאי הגישה והתנועה היו קשים ביותר בשל המצאות המצודה באזור עתיק וצפוף.