מוריה – חברה לפיתוח ירושלים הוקמה בשנת 1986, ועוסקת מאז בפיתוח תשתיות בירושלים.
גן החיות הוקם בדרום מערב ירושלים (כיום בסמוך לקניון מלחה ותחנת הרכבת), וזאת כחלק מתוכנית האב לדרום מערב העיר. לפני שנבחר מיקומו הסופי של גן החיות נדונו מספר חלופות באזורים שונים בירושלים.
לצורך הקמת גן החיות בוצעו עבודות פיתוח ותשתית בהיקף נרחב הכוללות: מתקני שאיבה, אספקה וטיהור שפכים, שבילים וכבישים פנימיים, גינון, כלובים ייחודיים לחיות, מערך שירותים וטרינריים הכולל מרפאת חיות ועוד. היות וגן החיות הוקם בסמוך לשמורת נחל רפאים בתוך ואדי חשוף נדרשה הקמת מערכת ניקוז מורכבת, הכוללת הגנה מפני שיטפונות. במרכז הגן הוקם אגם מים מלאכותי בשטח של כ-5000 מ"ר. הפרויקט הוא אחד מהפרויקטים הראשונים בארץ בו נעשה שימוש אינטנסיבי במי שפכים מטוהרים לצורך השקיית הגינות.
הגן משמש לא רק כגן חיות אלא גם כפארק לבילוי משפחתי המשופע במתקני משחק, שטחים מוצלים ומדשאות.
גן החיות התנכ"י המחודש בירושלים הינו אחד מגני החיות המשוכללים בעולם ואחד מהאתרים הפופולאריים למטיילים בירושלים.