מוצב גבעת התחמושת הוקם על ידי הירדנים לצורך שליטה על הדרך להר הצופים
היוזמה להקמת אתר ההנצחה בגבעת התחמושת הייתה של ההורים השכולים שביקשו לשמר את המוצב, ולהקים בו אתר הנצחה ל-182 יקיריהם שנפלו במערכה על ירושלים במלחמת ששת הימים
תכנון האתר הראשוני החל ב-1968 על ידי האדריכלים בנימין אידלסון וגרשון צפור, עיצוב הפנים והתצוגות הופקדו בידי האדריכל רפי בלומנפלד והמעצב שמואל גרונדמן

המבנה תוכנן כמערכת קשתות פרבוליות עשויות בטון השזורות זו בזו, לתצוגות תוכננו חללים תת-קרקעיים המדמים בונקרים. בשנת 1975 נחנך אתר ההנצחה

תפנית מעורבת בניהול הפרויקטים באתר גבעת התחמושת מאז 1994.

בשלב הראשון, כללה העבודה את מבנה הכניסה, רחבות הטקסים והאירועים, ושיפוץ שני מבנים קיימים שהותאמו לאכלס משרדים, כיתות ותערוכות מתחלפות.

לקראת ציון 50 שנה לאיחוד ירושלים, הוחלט על ביצוע פרויקטים נוספים באתר: השלמת היכל ההתייחדות, שימור אתר הקרב, לרבות שימור המבנים ההיסטוריים, שיקום תעלות הקשר וחידוש המוזאון.

התכנון החדש למוזיאון מציג את המערכה על ירושלים ואיחודה, החל בהפגזת העיר על ידי הצבא הירדני, הקרבות בתוך ירושלים ומחוצה לה ועד לכניסת הצנחנים ולוחמי חטיבת ירושלים להר הבית, העיר העתיקה והכותל המערבי.
הצופה מתחיל את הסיור בבוקר החמישי ביוני 1967 ועובר דרך תחנות בזמן וסיפורים אישיים של לוחמים, לאורך מסלול הביקור מוצגים שעוני זמן המתארים בכל רגע נתון את התקדמות הכוחות והתפתחות הקרב בפרספקטיבה מקומית ואזורית.

בסיום סיפור הקרבות עומד המבקר מול קיר הזהב, עליו חקוקים שמות 182 הלוחמים שנפלו במערכה על ירושלים.

לצורך התאמת המוזיאון לתצוגה החדשה, נדרשו התאמות מורכבות להסרת אלמנטים קונסטרוקטיביים אשר הקטינו את החלל הפנימי, ונדרשה חפירה מורכבת ברצפת המוזאון להעברת תשתיות חדשות.