
משכנה נקבע בהר הזיכרון בירושלים, והמתחם תוכנן והתפתח במהלך השנים.
בניין בית הספר להוראת השואה ממוקם באגף הצפוני של מוזיאון יד ושם, סמוך למבנה הארכיון והספרייה, ושניהם קשורים לבניין המבואה ולכיכר הכניסה במעבר תת-קרקעי.
בשלב הראשוני הוקם מבנה בית הספר הכולל כיתות לימוד, ספרייה ומשרדים. בנייתו של שלב זה הושלמה בשנת 1999.
עם הגידול הניכר במספר המבקרים ביד ושם לאחר פתיחת המוזיאון ההיסטורי החדש, והרחבת פעילויות בית הספר לאוכלוסיות מגוונות, נוצר הצורך להגדילו. לשם כך הוקם אגף נוסף בצמידות לבית הספר המקורי. באגף החדש נוספו 11 כיתות, חדרים לצוותי ההדרכה, משרדים ואודיטוריום המכיל 328 מושבים.